詹姆斯（James Sunderland）收到了他因慢性疾病死去3年的妻子-瑪麗（Mary Sunderland）的一封信，信中提及瑪麗正在美好之地等著詹姆斯，但整個沉默之丘都是他們的美好回憶的所在地。詹姆斯曾懷疑這封信是否是惡作劇，但他發現這封信是用瑪麗的筆跡寫的，且裏面也提到詹姆斯從未實現了他承諾會與瑪麗再一次回到沉默之丘，於是他便開車抵達緬因州的沉默之丘。 離開觀景台後，走到沉默之丘來到一片墓地，遇到了一位緊張的女性-安吉拉（Angela Orosco），她來到鎮上尋找她失踪的母親並警告詹姆斯，沉默之丘有些詭異且危險，詹姆斯表示他不在乎是否危險也要找到他妻子。 當詹姆斯到達沉默之丘城鎮時，他發現這和幾年前美麗的城鎮天差地遠，除了濃濃大霧外，整個城市幾乎被廢棄了，除此之外還有可怕的怪物橫行。當他發現湖畔羅斯沃特公園被封鎖，他決定通過一個公寓大樓以達到信中提到的美好之地。

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在公寓裡面，詹姆斯撿一個鑰匙時遇到一個小女孩採他的手並嘲弄他。不久之後，他發現三角頭的人形怪物並在他面前和4隻腳的怪物演了三級片，詹姆斯發狂了用槍將他趕走。後來又遇到一個年輕人艾迪（Eddie Dombrowski），而艾迪正在因為冰箱的屍體在廁所嘔吐，並表示人不是他殺的。抵達另一棟公寓大樓時，詹姆斯發現安吉拉躺在一面大鏡子的前面好像試圖用手上的刀自殺，兩人互相說明自己蒐尋的對象後都覺得對方瘋了，最後詹姆斯看向她手中的刀想說服她為了自己的安全把刀交給他，才要靠近她就相當驚恐的一邊道歉一邊跑走。再擊倒一個正在辦事的三角頭後，詹姆斯終於離開公寓並遇到方才踩他手的女孩 哼著歌坐在塗鴉牆上。她向詹姆斯透露，她知道瑪麗，並烙下一句"你從來沒有愛過她"就跑掉了。 當詹姆斯終於到達羅斯沃特公園時，他遇見了一位長相酷似他妻子的女人-瑪麗亞（Maria），只是穿著較辣個性也更大方。瑪麗亞表示他害怕這個地方需要有人陪著，於是瑪麗亞陪著詹姆斯試圖到達第二個懷疑美好之地-湖景酒店。進入保齡球館時，詹姆斯聽到見艾迪與蘿拉聊天的聲音，在他進門前蘿拉就跑走了，艾迪表示這女孩名叫蘿拉（Laura），出門後瑪麗亞說有看到他往建築物後方跑走，詹姆斯擔心這女孩會被怪物攻擊也追了上去。

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透過瑪麗亞的鑰匙，經過酒吧天堂之夜並看到蘿拉進入港溪醫院。探索醫院一段時間瑪麗亞有些不舒服便在醫院的床上休息。詹姆斯在其中一間病房裡找到了蘿拉，她告知詹姆斯一個驚人的事實她在一年前認識瑪麗，但瑪麗應該已經死了三年啊? 蘿拉想透過瑪麗給她的一封信證明她一年前就認識了瑪麗，於是要詹姆斯跟她一起找，結果卻騙他進入一個裝滿懸掛籠子怪物的房間裡，並嗆他說誰叫有人說我是騙子呢。在擊敗怪物後，醫院突然發生了巨大的變化，詹姆斯回到瑪麗亞所在的病房發現她踪了，後來在醫院的地下室找到瑪麗亞，但詹姆斯說"無論如何還好你活著"讓瑪麗亞暴怒，感覺詹姆斯好像不在乎她死活只在乎他那死老婆。平靜下來後他們繼續尋找蘿拉，但在裏世界的地下室三角頭又出現了，追逐他們到電梯前瑪麗亞晚了一步，就這樣在電提前被三角頭刺穿。詹姆斯感到相當悲傷，他又再一次失去了瑪麗，但在看到蘿拉後決定調整心情，繼續尋找瑪麗。

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離開醫院後，發現一個鑰匙被埋在羅斯沃特公園的一座雕像下，那正是歷史博物館的鑰匙。 進入博物館後發現托盧卡監獄與其相連，並發現瑪麗亞奇蹟般地活著，但被鎖在一個監獄牢房裡，瑪麗亞說他們在醫院的地下室只是分開沒有被殺害，並一直挑逗著詹姆斯。就在詹姆斯好不容易來到他的牢房卻發現瑪麗亞已經被殺害了。繼續探索這錯綜複雜的迷宮可發現報紙報導，安吉拉殺死了她父親，因為她忍受不了她父親長年對她的虐待和性侵。就在經過一個房間時，聽到安吉拉的尖叫聲，詹姆斯衝入房間並將安吉拉從一個像是長在床板上的怪物中拯救了，安吉拉在詹姆斯打倒怪物後對其屍體猛踹並用電視砸牠，當詹姆斯試圖安撫她，她卻怒嗆詹姆斯和其他男人一樣，只是想上她的騙子，而且根本不希望瑪莉在身邊，詹姆斯試圖反駁但聲音中浮出一絲的心虛。迷宮的盡頭發現了艾迪，由於他對身材相當自卑，且常受人欺凌和言語霸凌，因此精神狀態相當不穩定。 艾迪透露他殺死了一隻欺負他的足球運動員的狗，並對狗的主人開槍。他表示如果誰敢嘲笑他他毫無疑慮的會殺了他，詹姆斯不明智地問他是否瘋了，於是艾迪就爆炸了。詹姆斯出於自衛殺死艾迪，但那也是個人所以相當震驚和罪惡感，他開始質疑這一切。此時，從瑪麗那裡得來的信呈現空白，表明這封信本身就是從來沒有存在過的東西。

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即便如此，詹姆斯仍像著魔似的乘船前往湖景酒店，希望找到瑪麗。 在酒店的餐廳，詹姆斯找到了蘿拉，她給了他之前提到的信，信中表明瑪麗想要收養她，證明了蘿拉去年便認識瑪麗。在失物招領可看到312是的鑰匙且一旁的地圖也在312房標示"我在等你"，一番折騰後抵達312室，詹姆斯看著他在酒店找到的錄像帶，卻出現了令人震驚的真相，他用枕頭窒息了因病長期臥床的妻子。詹姆斯靜靜地坐著面對真相內疚的無法自己，蘿拉進房來告知詹姆斯他要離開城鎮了，因為顯然沒有瑪麗的身影，詹姆斯向她透露真相，蘿拉先是不信說他是騙子隨即憤怒的尖叫著恨他，然後默默的離開了房間。此時一直發出像是有怪物在刺耳的雜訊，並傳出瑪麗的聲音要求他找到她。走出312房後，整個酒店迅速腐化並且狂漏水，就像是遭受火災的殘骸。進到一個本該是樓梯的房間卻發現整個廠警都被熊熊火焰包圍，安吉拉就站在燃燒的樓梯上，牆壁上有著私密處血腥的屍體。安吉拉先是誤認詹姆斯是她母親，隨後發現是他，隨後表示你這麼幫我會愛我嗎? 詹姆斯無語地低下頭來，安吉拉要求他還刀以便自殺，詹姆斯拒絕，安吉拉以為是他自己要自殺，但詹姆斯說我不會自殺的。當安吉拉爬上燃燒的樓梯時，詹姆斯說，這房間很熱，她則回答：對我來說，一直都是這樣的，意味著她的一生永遠是一個活著的地獄，最後她消失在火焰之中。

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到了裏世界酒店大廳，詹姆斯發現瑪麗亞活著，但被困在一個籠子中吊著，隨即被兩名三角頭殺死。詹姆斯意識到，他們是為了懲罰他的罪而被創造的，決定該了結這一切了。三角頭所損失一定血量後，用自己的長矛刺穿了自己，他們的目的已實現。 繼續往前可以聽到詹姆斯和瑪麗在活著的時候曾經有過的互動，瑪麗想要詹姆斯陪著她但又不希望他看著自己像個怪物般的醜陋。最後進入一個長樓梯的金屬建物，樓梯的頂部，他發現一個類似瑪麗的女人，這裡會因為結局不同對話會不一樣，瑪麗亞結局是瑪莉對詹姆斯說你殺了我怎可以如此快活，其他結局則都是瑪麗亞跟你說為什麼就是放不下過去，我可以永遠陪著你，詹姆斯拒絕後就見笑轉生氣變成怪物開打，在擊敗這個最後的惡魔後，會根據結局劇情不同。