亨利（Henry Townshend）在2年前搬入南阿什菲爾德（South Ashfield）一個鄰近沉默之丘的城市，有一天，他發現自己被鎖在302室裡。即便有人在門外，他可以聽到敲門和說話聲並向他們求救，但外面的人怎麼也聽不到他的聲音。大樓管理員-法蘭克（Frank Sunderland）也試過拿備份鑰匙來看依然是毫無反應，這令303室隔壁鄰居艾琳（Eileen Galvin）也相當擔心和疑惑。亨利藉著門上的窺視孔聽到艾琳艾琳近期會去朋友聚會，在此之前應該都會在公寓待著。 這情況持續了五天，浴室的牆壁上突然出現一個洞。別無選擇的他只能進入這個洞穴中，開始各種地獄的探險。每次進入洞穴時，亨利會抵達各個南阿什菲爾德的地點，裡面充滿著大量的怪物和幽靈。而在每次從異世界鑽洞回來後，他總會發現自己在床上醒來。這些異世界中，亨利目擊了那些被困在這世界的其他人的謀殺現場，而回到原來世界會發現這些人也同樣的死亡，並且從本來不能收聽的錄音機中傳來警方調查的結果。受害者有辛西婭（Cynthia Velasquez）、賈斯珀（Jasper Gein）、安德魯（Andrew DeSalvo）和理查德（Richard Braintree），每個人的屍體上都刻上了神祕的數字(16121-19121)。

​

隨著遊戲進行門板下紅色的日記顯示，一個連續殺手-華特（Walter Sullivan），幾年前便進行了殘酷的連續殺人案，並將數字刻在他的受害者身上，但不久後被捕並且在獄中自殺。但現在這些新的受害者身體上也刻有相似的數字，就如同10年前一樣，後來會發現華特已經透過儀式解放自己肉體而成幽靈。華特是出生在302室的棄嬰，公寓大樓管理員法蘭克將嬰兒交給醫療人員並保留了臍帶，而後華特到沉默之丘附近的孤兒院-希望之家（Wish House Orphanage），他在那被教導了神秘的儀式和邪教的教義，妲利亞（Dahlia Gillespie）更告訴他信302室是他的媽媽，要喚醒它，需要21禮贄淨化它，因此需要21個犧牲者。一開始，華特以不同的方式殺死了10個人，並執行了聖母儀式自殺成為第11個受害者，即便他肉體死去，它的精神已從肉體解放出來可在其所創的異世界穿梭來回且不滅。亨利可發現華特有另一個幼年狀態，是華特童年記憶所產生。

故事後期，亨利來到自家公寓的異世界，並看到華特敲了艾琳的門。在找到解鎖艾琳的房間的鑰匙之後，亨利在艾琳家中客廳的地板上目擊了她受到華特的毆打苟延殘喘地躺在地上，背上寫著20121，並感謝正太華特試圖保護她。隨後亨利再次醒來，且發現他的房間好像開始不尋常，且浴室的洞口被封了起來。但循藉著染血的日記可發現儲物間曾經也有個洞，於是亨利便利用邪神符創造了一個新洞。該洞是通向聖杰羅姆醫院（St. Jerome's Hospital）的異世界，在那裡他發現了艾琳，亨利和艾琳決定一起想辦法逃離這異世界，正當亨利把艾琳帶到了洞前想讓她跟他回房間比較安全，然而卻發現他是唯一一個可以使用它們的人，因為她無法看到洞。

​

離開醫院後，亨利和艾琳在通過螺旋樓梯下降到底部時，其中充滿了各式各樣奇怪的"藝術品"。每個異世界由樓梯連接，他們必須不斷地下降找到最終的真相。異世界與之前相同，不過有部分路徑出現，而被華特殺害的犧牲者們都變鬼魂或怪物向他們襲來，華特也一直跟在他們後面追殺著兩位倖存者。 在擊敗一個房間的閉上怪物-真理後，亨利和艾琳到達螺旋樓梯的底部，找到過去的302室為前302室房客約瑟夫（Joseph Schreiber）之記憶。他出現在天花板上像一座雕像，並告訴他們華特的歷史，揭示這些異世界是華特聖母儀式的傑作，最後告訴他們是最後的受害者重生之母-艾琳及智慧接收者-亨利。他們必須殺死華特防止21禮贄完成，否則他會殺死他們，而這異世界也會轉為真實世界。透過絕望之鎬可打破302室的牆壁並發現華特的屍體就這樣釘在十字架上，搜索其外套口袋中找到的鑰匙後，亨利解鎖了他的前門，但，出現在眼簾的竟是惡夢世界的公寓大樓，而後艾琳從遠方出現。

​

亨利在公寓裡，檢查了象徵華特父親的六個屍體，每個都記錄了華特父親對其拋棄殘酷的留言。最後在法蘭克的房間裡發現了華特臍帶，亨利突然看到華特記憶閃回，頭痛地跌倒在地上。艾琳試圖安慰他，但她決定去找華特試圖說服他，在走出管理員房間卻聽到鐘聲響起，21禮贄要進入最後階段。亨利回到302室，發現華特屍體已經消失了，其下有個圓形的黑色深淵。亨利進入深淵，卻發現一個異常寬敞的空間，中間有個具尖刺的旋轉機器在血池內運作著。房間裡有八隻矛和一隻類似軀幹的巨型怪物，而艾琳的兩眼發直得像是被催眠緩慢地走向血池，亨利別無選擇使用了臍帶將怪物和華特連結，並使用8枝茅重創怪物使其華特具物理型態，最終擊敗了他。