孵化器（Incubator）給哈利（Harry Mason）嬰兒過了17年後，她已變成了17歲的少女-海瑟（Heather ）。一天海瑟在中央廣場購物中心為父親購買東西時，因為有些疲倦便在快餐店打盹並做了個惡夢，夢中遇到了許多怪物，即便她試著逃跑，最終還是在雲霄飛車的鐵軌上被撞了出去。海瑟驚醒後打電話給她的父親，正準備離開時，遇到一名名叫道格拉斯（Douglas Cartland）的偵探，他希望海瑟能給他點時間去見一個有關他身世的人，海瑟為躲避他從廁所窗戶逃到商場另一端，然而在經過一家服飾店時，卻發現有怪物在吃人，她驚慌地拿起手槍自衛並擊倒了怪物。就在海瑟不明其究這一切究竟是怎麼回事時，遇到了一個身穿黑色牧師服金髮赤腳的女人-克勞迪婭（Claudia Wolf），她一直在尋找海瑟(應該說艾雷莎Alessa Gillespie)，並告訴海瑟一堆不明其究的話要她想起過去，隨著克勞迪婭的離開海瑟頭痛的跪在地上。

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當海瑟進入電梯時，掉了一台收音機發著雜訊。電梯門再次打開，卻整個世界變得更加黑暗噁心宛如一場惡夢。即使她很害怕，最終還是來到商場深處與巨大蠕蟲進行戰鬥而後回到現實世界。在打算從地鐵回家時再遇道格拉斯，海瑟覺得都是他來找她讓這一切變得詭異，道格拉斯則表示只是受雇來找她而已並且也看到這些怪異，海瑟雖然懷疑但也懶得管他自己跑去搭地鐵了。

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與商場一樣，地鐵也是完全沒人，怪物亦然。當她乘坐地鐵到地下通道，並穿過下水道走廊，最後抵達她家附近的建築工地，正當以為這一切就要結束時，在調查公寓2樓的浴缸時，海瑟再次進入裏世界。她馬上遇到牧師-文森特（Vincent），其對邪教有不同的看法。在簡短的談話之後，海瑟覺得他也是個怪人便閃人走出房間。在探索裏世界公寓後，她發現一個叫做Glutton的擋在一扇門前，隨後她發現童話故事的散落頁面，再1樓的房間有著最後的部分，包含"Tu Fui，Ego Eris"(如同你一樣，我曾是，和我現在一樣)這樣的咒語，念完後怪物消失，海瑟再一次的回到正常世界，直奔家中想告訴父親所到的這一切。

但在他抵達黛西別墅公寓的家後，等待她的是父親的遺體。海瑟瞬間崩潰，趴在她父親的腿上放聲痛哭，恢復了情緒後，發現血跡延續到屋頂於是追了上去。在屋頂見到了熟悉的身影-克勞迪婭，她表示她是因為17年前哈利阻礙了神的誕生且將海瑟綁架所以給予制裁，而這麼坐也是蓄意讓海瑟內心充滿仇恨，且親手殺哈利的不是她，是一頭怪物-傳教士，最後並告訴她在沉默之丘等著她。殺死怪物後，海瑟回到公寓並遇到道格拉斯，他幫助她把哈利的遺體搬到他房間裡，並蓋上床單及百合花以示尊重。海瑟最後決定找到克勞迪婭報仇，儘管道格拉斯告訴她這樣不會有好處，兩人還是依同前往沉默之丘。駛往沉默之丘時，道格拉斯給了她地圖，說是文森特給的並告訴她文森特說要找一個名叫雷納德（Leonard Wolf）的人，並給她哈利的筆記本，裏面簡單交代著海希瑟的過去。隔日抵達荒涼瀰漫大霧的沉默之丘，他們在Jacks Inn旅館討論後決定由海瑟前往醫院調查，而道格拉斯則去搜索雷納德的房子。

 

海瑟在醫院找到克勞迪亞所在位置的線索，但也發現醫院的怪物更多更強大。她還發現，醫院的病人之一史丹利（Stanley Coleman）對她瘋狂愛戀。探索中，接聽一通雷納德的電話，其表示自己是克勞迪婭的父親，並要她來本來不存在房間向他取得監印，進入後海瑟漸漸地回憶起她是艾雷莎的轉生，也想起了在七歲被燒傷的慘痛過去，此時海瑟再次進入裏世界，不幸的是，雷納德已變成了一個怪物。擊敗後，海瑟獲得了梅達斯監印，醫院也再次變回原來的世界。海瑟回到旅館想與道格拉斯討論下一步。但在她回來前，克勞迪婭和文森特也在這談論關於邪教的事情，克勞迪婭怪他為何讓海瑟去找她爸導致她爸死去，文森特則透漏了她爸對她虐待的過去。當海瑟回旅館時，只剩文森特，他告訴海瑟，道格拉斯說教會在湖的另一邊，並表示克勞迪婭在教會裡，必須經過湖畔遊樂園才能到達。海瑟抵達遊樂園時再次進入裏世界，這裡跟夢裡一模一樣。海瑟知道雲霄飛車會如同夢裡撞死她，先從軌道跳了下去。

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視角轉到遊樂園另一處，克勞迪婭和道格拉斯正在爭論著，克勞迪婭認為其宗教需要希瑟使上帝出生，迎接樂園。道格拉斯嗆說，一個沒有任何後顧之憂或負面影響的地方才不是天堂，而是一個停滯不前的世界，毫無價值，這種世界是無意義且無聊的，然後舉槍對著克勞迪婭，克勞迪婭她搖了搖頭於是畫面又轉回海瑟。探索遊樂園後，希瑟再次遇到道格拉斯，但他的腿斷了無法與她同行，大概是被克勞迪婭的力量擊敗了。此時，道格拉斯聊起他的兒子因搶銀行被槍殺，想勸誘海瑟別做傻事，海瑟答應他一旦完成事情就回來找他。最終，她在哈利十七年前擊敗席玻的選轉木馬上找到另一個自己-艾雷莎的回憶。海瑟看起來血肉模糊且嚴重燒傷，並希望不惜一切代價阻止神的誕生，所以希望海瑟就此安眠。海瑟了解艾雷莎的想法，但她有不一樣的做法希望她能了解並前往邪教教堂的入口。

海瑟在教堂裡遇到克勞迪婭，並告訴她記得艾雷莎的一切並不希望克勞迪婭繼續下去，克勞迪婭堅持並解釋說世界上有太多痛苦，神會改變一切，儘管海瑟解釋痛苦是活著一部分，要她面對現實不要傷害任何人。最後海瑟說她永遠不會原諒她殺死哈利，卻突然感到痛苦，因為神吸取夠多的仇恨和情緒準備出生，克勞迪婭見協商未果離開了。通過教堂走廊的路上，在圖書館裡遇到了文森特，他問她有沒有拿到監印並深信它可以用來打敗克勞迪婭，還表示"喔，原來在妳的眼中他們是怪物啊?"。

 

其後，海瑟來到教堂的聖所，克勞迪婭從後面刺傷了文森特，並感謝海瑟讓上帝感受到恨使天堂近了，希瑟然怒噴，一個相信仇恨的神永遠不會創造一個完美的世界。克勞迪亞悠悠地回應，即使是極樂世界也有著殘酷的一面，為了理解同情必須明白痛苦。文森特白目的用最後一口氣告訴海色快用梅達斯監印，但克勞迪婭透露監印不過是無用的飾品之後，尾刀文森特。海瑟雖然憤怒，但突然想起了父親給她的項鍊裡面裝著不明液體-Aglaophotis，並吞下它。隨即便將神血淋淋吐在地板上，並嗆說看來上帝被墮胎了，正準備用靴子踩神時，被克勞迪婭推開，並拿起這個生物吃掉，隨後痛苦的走到審判台被怪物從洞裡拉進去。

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海瑟跟進後，克勞迪婭已消失無蹤，只剩下可怕的神-一個像艾雷莎面孔的性臉部和赤裸著骨盆脊髓的怪物，最後由瓦爾蒂（Valtiel）提供的面罩。經過一番血戰，海瑟殺了神，報了仇後她在地上崩潰大哭，待恢復平靜後準備回去遊樂園找道格拉斯，突然轉頭看向神似乎聽到了甚麼聲音。